在系统复杂度方面，HSDPA引入了三个新的物理信道HS-DPCCH、HS-PDSCH、HS-SCCH以及短帧（2ms）、快速重传+软合并（HARQ）、快速调度等先进技术，因此对资源（码字、功率）的合理分配带来了全新的研究。
传输系统引入HSUPA后，上行传输通道引入了E-DPCCH专用物理控制信道，承载上行信令信息；E-DPDCH专用物理数据信道，承载上行数据信息；下行传输通道引入了E-HICH确认指示信道，承载下行信令信息，如HARQ的ACK/NACK等；E-RGCH相关准予信道，携带指示UE的功率上升、保持、下降的指令信息；E-AGCH绝对准予信道，承载资源的分配以及小区信息等。这些信道的使用会带来码字、功率的消耗，如何合理规划码字、功率的分配是运营商利用HSPA组网必须详细研究的问题。
如果混合组网，上行传输通道中同时工作的信道由原来的2个（DPCCH、DPDCH）变为4个（DPCCH、DCDCH、E-DPCCH、E-DPDCH），会导致较高的峰均比，因此这给上行链路预算带来新的挑战。下行传输通道中，三个信道的引入至少会占用一个SF=128（分配给E-HICH和E-RGCH），一个SF=256（分配给E-AGCH）的码字，占去总码字数的1.17%。此外，据初步研究，下行3信道在初期静态功率分配的方式下，会占用5～10%的下行功率，这对已经很匮乏的功率资源是很大的挑战。
此外，HSUPA采用10ms/2ms两种帧长、HARQ、软切换等技术，因此运营商如果考虑混合组网，既要结合HSUPA的特点，又要保证原R99的业务不受影响，运营商必须在网络参数设计、业务配比、资源分配等方向上做深入的探讨和研究，这无疑是一项艰巨的工作。
综上所述，考虑到HSPA的规模发展是大势所趋，HSPA与R99混合组网又存在很多的复杂性。
网络覆盖
新兴的移动运营商一方面要建设R99/R4网络，同时要引入HSPA，这给网络覆盖带来了挑战。移动网络有个重要法则，就是必须全覆盖，用户无论在哪，都要能享受同样的体验。
1．热点区域覆盖
用户的行为有一个培育期，HSPA商用初期，用户数不会很多，用户量也不会很大。因此运营商在HSDPA商用初期主要考虑区域性覆盖。
一些区域如风景区、孤立办公楼等，数据业务需求量大但是范围小，而且主要集中在室内，运营商部署HSDPA网络时，可考虑在原R99小区的基础上叠加HSPA单站点。
热点区域如商务区、高级住宅区等，数据业务需求量大但是范围广，运营商部署HSDPA网络可以在原R99的网络上，叠加多个HSPA小区，建设区域性的HSPA覆盖网络。
在HSPA与R99的共同覆盖区内，PS数据业务优先选择HSPA网络。当PS用户进入HSPA的覆盖范围内时，优先选择HSPA小区，当PS用户远离HSPA的覆盖区时，为保证业务的连续性，让用户切换到R99的信道上，使用R99网络。当激活集中同时存在HSPA小区、R99小区时，用户优先选择HSPA小区。这样，用户才能感受到高速移动服务。
这个策略一定程度上与HSDPA引入初期的覆盖策略相似。
2．全部连续覆盖
室外全部连续覆盖，即运营商在密集城区、一般城区等全部区域提供HSPA服务，实现全部城区的HSPA连续覆盖，这要求所有的小区同时支持HSPA业务和R99业务，且两种业务的覆盖范围相同。对于R99业务，小区满足CS64k业务的连续覆盖；而对于HSPA业务，运营商可根据自身需求设定HSPA小区的边缘速率，实现HSPA的全网覆盖，保证用户的高速体验。但这种方式的问题是投资大、浪费资源。
业务策略
从3GPP标准来看，HSPA承载的重点还是在BE（BestEffort）类业务上，流媒体类业务存在一定的QoS要求（速率、延时）等，只作为可选项。每个厂商根据自身对市场的判断，制订出的设备指标存在一定的差异，因此某些厂商的方案支持流媒体业务，某些厂商的方案只支持BE业务。
总体而言，HSPA支持流媒体业务时是否需要网络付出比R99DCH承载流业务更大的代价，如下行功率的占用、系统调度策略的复杂性等，还有待试验和业界进一步深入研究。
尽管HSUPA的到来给运营商网络演进指明方向，但是如何部署HSPA网络，如何制定出合理的运营模式，还要进一步验证，也有待业界进一步努力。
